Joonatan Lappalainen opiskelee lyömäsoitinten soittoa Sibelius-Akatemian nuoriso-osastolla Antti Rislakin, Olli-Pekka Martikaisen ja Panu Savolaisen johdolla. Oulun konservatoriossa hän opiskelee Nathan Archerin, Ilkka Oksasen ja Sven Seebeckin johdolla.
Vuonna 2025 Joonatan sijoittui 3. sijalle Australiassa järjestetyssä Marimbafest-kilpailussa sekä vuonna 2024 jaetulle kolmannelle sijalle kansainvälisessä Majaoja-lyömäsoitinkilpailussa. Hän voitti samana vuonna Great Composers Competitionissa ensimmäisen palkinnon.
Nuoreen ikäänsä nähden Joonatan on soittanut monipuolisesti erilaisissa kokoonpanoissa, kuten Haapaveden ja Oulun kamariorkestereissa, Vivo-sinfoniaorkesterissa, puhallinorkesteri Viventissä, Oulu Youth Jazz Orchestrassa, Käänne-bändissä sekä kansanmusiikkiyhtye Miukelissa. Lisäksi Joonatan on soittanut Keski-Pohjanmaan Kamariorkesterin, Oulu Festivon ja Jokilaaksojen musiikkiopiston AtR-orkesterin solistina.
Joonatan soittaa myös yhdessä siskonsa Emilian kanssa Duo Lappalaisessa, joka on mukana Oulun juhlaviikkojen Delta Life -projektin Taiteilija syntyy suistoon -dokumenttisarjassa.